تتكون كتائب القسام من ستة ألوية، واللواء في العادة يتكون من خمسة آلاف مقاتل، ويضم خمسة كتائب، ويقدر عدد عناصر القسام بـ 30 ألف مقاتل، يتوزعون على العديد من الوحدات والكتائب التي تنتشر في قطاع غزة، حيث لكل وحدة مهام معينة مناطة بها، ومواقع معينة تعمل انطلاقا منها وأبرز هذه الوحدات:
* وحدة المشاة: وهي الاكبر من حيث العدد والعدة، وتشكل 85% من كتائب القسام تقريبا، ومهمتها مواجهة العدو مباشرة في حال تقدمه نحو القطاع، ومساندة قوات وزارة الداخلية بحفظ الجبهة الداخلية، والمساعدة في حالة الكوارث الطبيعية، كما جرى في 2013، تتسلح وحدات المشاة برشاشات كلاشينكوف 74 و103 وكرينكوف وبنادق ام-16 وبنادق قنص دراغنوف، بالإضافة الى رشاش بي كي سي وقنابل يدوية وهي تصنع محليا (صنعت الكتائب ربع مليون قنبلة).
* الوحدة الخاصة: من أكثر الوحدات نشاطا في هذه الحرب، حيث تقوم بعمليات تسلل خلف خطوط العدو، واقتحام للمعسكرات والقواعد الإسرائيلية، وهي الوحدة المسؤولة عن أسر الجندي شاؤول أرون قبل عدة أيام، ويعتبر عناصرها النخبة في كتائب القسام حيث يتسلح أفرادها ببنادق ام-4 و ام-16 وكلاشينكوف-103 و FN-FAL و FN-2000 وكرينكوف وينادق قنص دراغنوف الروسية الشهيرة وبنادق شتاير عيار 12.7 مم مداها 2 كم وقواذف RPG-7 و RPG-18 وقنابل يدوية وعبوات ناسفة كما يتجهز أفرادها بمناظير ليلية وأجهزة اتصال.
* وحدة الهندسة: من الركائز الاساسية في كتائب القسام، مسؤولة عن التصنيع العسكري وحفر الانفاق، وقامت الوحدة ببناء بنية تحتية عسكرية متكاملة تحت القطاع، وتعرف بـ "غزة السفلية"، وتضم هذه البنية شبكة من الانفاق التي تمتد لعشرات الكيلومترات، التي تتعدد مهامها فبعضها مخصص لتخزين السلاح وبعضها مخصص لنقل الامدادات، واكثرها شهرة الانفاق الهجومية التي تخترق الاراضي المحتلة وتسهل عملية تسلل عناصر القسام خلف خطوط العدو, بالاضافة الى تصنيع عبوات ناسفة محلية الصنع من طراز شواظ التي تحتوي على 40 كجم من المواد شديدة الانفجار وسلاح الوحدة الاساسي هو السرية التامة والتطوير المستمر.
* وحدة الدروع: المسؤولة عن التصدي للمدرعات والدبابات الصهيونية وسلاحها الاساسي قواذف RPG-7 و والقاذف الشهير والجبار RPG-29 الذي يطلق قذيفة بشحنة مزودجة خارقة للدروع مداها 500 متر وصواريخ مالوتكا مداها الاقصى 3000 متر وصواريخ كونكورس الموجهة المضادة للدروع مداها 4 كم وصواريخ فاغوت وصواريخ كورنيت قاهرة الميركافا التي يبلغ مداها 5500 متر, والسلاح الشخصي للعناصر كلاشينكوف في الغالب.
* وحدة الدفاع الجوي: وحدة حديثة العهد لم يمض على تأسيسها 7 سنوات، سلاحها الاساسي رشاشات دوشكا مداها 3500 متر ورشاشات مضادة للطائرات ZPU-14.5 مم محملة على سيارات رباعية الدفع ورشاشات بي كي سي وصواريخ أرض جو محمولة على الكتف طراز ستريلا سام-7 مداها 4200 متر و ايجلا سام-18 المقاوم للتشويش والمزود بباحث ذكي يميز بين بصمة الطائرة وبصمة الوسائل الخداعية، مداه 5200 متر، والاحدث في صواريخ القسام هو جرينش سام-24 الاحدث في سلسلة الصواريخ المضادة للطائرات، الذي يستطيع اسقاط الطائرات التي تحلق على ارتفاع 4 كم وحتى مدى 5 كم والقادر على تجاوز وسائل الخداع كما تمتلك الوحدة صواريخ جافلين البريطانية التي يصل مداها الى 5500 متر.
وحدة المدفعية: وهي أكثر وحدات القسام فعالية وعمل في الحروب, كما أنها الوحدة المسئولة عن صناعة واطلاق الصواريخ, حيث أن أول صاروخ أطلقته كان من طراز قسام1 عام 2001م ثم طورته الوحدة الى قسام2 ثم قسام3 , وبعد ذلك امتلكت صواريخ غراد الروسية والكاتيوشا اللبنانية, وفاجأت الاحتلال بصواريخ 75 M محلية الصنع والتي ضربت تل أبيب, وفاجأته في هذه الحرب باطلاق صواريخ 160R الذي ضرب مدينة حيفا شمال فلسطين المحتلة وسجيل 55 و80 J.. بالاضافة الى مسئوليتها عن ضرب قذائف الهاون الذي كان لها أثرا كبيرا في قتل وتشتيت قوات الاحتلال أثناء دخولها بريا على حدود القطاع.
إضافة الى وحدات أخرى تعتبر ضمن الشئون المعنوية في جيش القسام مثل وحدة الاستخبارات العسكرية المسؤولة عن تتبع المشبوهين والعملاء واعدامهم، إضافة إلى المكتب الاعلامي الذي تصدر عنه البيانات والبلاغات العسكرية.